Fyns Laksefisk tilbyder at udføre fiskeundersøgelser/bestandsundersøgelser i vandløb. Dette gøres vha. elektrofiskeri og fiskebestandsstørrelserne findes ved anvendelse af ørredindekset og artsindekset i forhold til gældende tekniske anvisninger.

Undersøgelserne kan være et led i for- og effektundersøgelser, fx i forbindelse med vandløbsrestaureringer. Fyns Laksefisk står for afrapporteringen af fiskeundersøgelserne.